水稻：http://rice.plantbiology.msu.edu/美国
水稻基因组注释计划。
水稻：http://ars-genome.cornell.edu/rice/美国
GrainGenes是美国农业部和地域农业图书馆的植物基因组计划支持的麦燕麦和甘蔗遗传数据库
水稻：http://mpss.udel.edu/rice/美国
Rice MPSS database水稻大规模平行测序数据库。
水稻：http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE美国
RiceGE（Rice Functional Genomic Express Database）水稻功能基因组表达数据库。
水稻http://www.retroryza.org美国
RetrOryza是一个提供水稻的LTR-Retrotransposons的数据库，提供了目前已经进行过功能注释的242个家族的反转位子的信息，包括Primer Binding Site，PolyPurine Tract，Target Site Duplication等信息。
水稻：http://www.tigr.org/tdb/rice/美国
美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括基因组注释库重复序列库，以及基因索引。
水稻：http://rkd.ucdavis.edu/美国
水稻蛋白激酶数据库。
水稻：http://www.iris.irri.org/美国
水稻胚质基因型数据库，以及水稻功能基因组和蛋白组。
水稻：http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/日本
KOME水稻的生物分子数据库
水稻：http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE日本
水稻数据库的统一化工具数据库。
水稻：http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/日本
水稻蛋白组学数据库。
水稻：http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/日本
RAD水稻基因组注释数据库。
水稻：http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/日本
INE水稻基因组整合数据浏览器。
水稻：http://rapdb.dna.affrc.go.jp/日本
RAP-DB水稻注释计划数据库。
水稻：http://red.dna.affrc.go.jp/RED/日本
RED水稻表达谱数据库。
水稻：http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html日本
水稻的基因组数据库（INE）整合了目前大规模测序后获得的关于水稻的基因组信息、cDNA信息，遗传图谱、物理图谱的信息，并随着水稻测序的进行，持续增加新的信息。
水稻：http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop日本
RiceFOX水稻过表达拟南芥全长cDNA突变体数据库。
水稻：http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/日本
Rice GAAS水稻基因组信息自动注释系统。
水稻：http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/日本
RMG水稻线粒体基因组信息数据库。
水稻：http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/日本
RPSD水稻蛋白结构数据库。
水稻：http://tos.nias.affrc.go.jp/日本
Rice Tos17 Insertion Mutant Database 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库。
水稻：http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi日本
Wild Rice Database野生稻数据库。
水稻：http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp日本
水稻科学整合数据库
水稻：http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp日本
水稻遗传学和基因组学数据库，该数据库涵盖了从水稻的传统的遗传学信息到最新遗传研究方面的进展，还包括一些热门研究方面的课题。
水稻：http://www.staff.or.jp/giot/INE.html日本
INE水稻基因数据库。
水稻：http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/中国
BGF是一个水稻基因组的基因预测工具。
水稻：http://drtf.cbi.pku.edu.cn/中国
水稻转录因子数据库，该数据库包括了来自水稻品种indica和japonica中所有已知的和可能存在的转录因子信息。
水稻：http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/中国
Rice水稻基因组注释数据库
水稻：http://redb.ncpgr.cn/中国
REDB水稻EST数据库。
水稻：http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp中国
RISE水稻信息系统，包括水稻基因组的最新综合信息以及与其他谷类作物的比较基因组分析数据。
水稻：http://rice.genomics.org.cn/中国
水稻是一种主要的粮食作物，也是一种谷物基因组研究的模式物种，北京基因组研究所（BGI）在水稻等作物基因组的测序、信息分析和生物学研究方面久负盛名。为了更好地研究，我们建立了水稻信息系统（BGI-RIS），整合了最新的数据以及比较基因组学分析数据。为了综合分析水稻的两大亚种，japonica和indica，BGI-RIS除了包括自己测序的indica序列数据外，同时也收集了japonica及其他已知的谷类作物的基因组和EST数据。BGI-RIS对两亚种间的相关基因、重复元件、基因重复、SNP都进行了注释。
水稻：http://rmd.ncpgr.cn/中国
RMD水稻突变体数据库Rice Tos17 Insertion Mutant Database水稻逆转座子Tos17插入突变数据库。
水稻：http://www.ncgr.ac.cn/中国
我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种。
水稻：http://www.plantgenomics.cn/中国
Plant中国地域基因组会议，包含有很多农学的生物信息学课题。
RIFGP（Rice Functional Genomics Program）：http://plantbiol.genetics.ac.cn，中国
中国国内多家单位完成的关于水稻的cDNA微阵列试验结果数据库。
水稻：http://www.riceweb.org/菲律宾
关于世界范围的水稻生产和市场等情况。
水稻：http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html韩国
韩国水稻基因组数据库。
水稻：http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp德国
MOsDB（The MIPS Oryza sativa database），水稻基因组数据库，包括序列数据，未来将把突变体信息、表达谱信息整合起来。
水稻：http://orygenesdb.cirad.fr/法国
OryGenesDB是一个用于水稻反向遗传学研究的交互式工具；有水稻基因T-DNA以及Ds侧冀序列标签数据库，基因注释。
水稻：http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/法国
水稻T-DNA插入突变数据库，该数据库包括了侧冀突变标签的分析的那个信息来做反向遗传学的研究。
拟南芥&水稻：http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi法国
水稻拟南芥比较基因组数据库，该数据库提供了一个水稻与拟南芥对比分析的平台。
