拟南芥：http://affymetrix.arabidopsis.info美国  

诺丁汉拟南芥保存中心芯片数据库。  

拟南芥：http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/美国  

拟南芥小RNA工程。  

拟南芥：http://atpid.biosino.org/美国  

拟南芥蛋白相互作用数据库。  

拟南芥：http://datf.cbi.pku.edu.cn中国  

拟南芥转录因子数据库（DATF）收集了所有的拟南芥转录因子数据（总共1922个位点，2290个基因），划分为64个家族。该数据库序列是基于 TAIR数据库(20051108)，可以采用多种方式查询数据。除此之外，另外添加了每个家族的DNA结合区域的多序列比对数据、进化树，另有GO注释，并与水稻转录因子作了同源比对。最后还增加了PDB数据的一些数据，以做核酸结合位点的定位。  

拟南芥：http://mips.gsf.de/proj/thal/db德国  

MIPS的拟南芥数据库。  

拟南芥：http://mpss.udel.edu/at/美国  

拟南芥大规模平行测序信号的基因表达数据库。  

拟南芥：http://rarge.gsc.riken.jp/日本  

拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库。  

拟南芥：http://urgv.evry.inra.fr/CATdb法国  

拟南芥转录因子数据库，拟南芥转录因子数据库整合了所有转录因子实验所获得的数据信息。  

拟南芥：http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb++/HTML/index.shtml法国  

拟南芥功能基因组数据库。  

拟南芥：http://www.arabidopsis.org/美国  

拟南芥基因组数据库。  

拟南芥：http://www.athamap.de/德国  

拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库。  

拟南芥：http://www.catma.org/欧洲  

拟南芥基因序列标签数据库，该数据库涵盖了拟南芥中大部分的基因信息。  

拟南芥：http://www.GABI-Kat.de德国  

T-DNA插入突变体在拟南芥的研究当中，具有十分重要的作用，GABI-Kat SimpleSearch是一个由GABI-Kat工程所建的拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库，目前该库有从64000 lines中超过108,000定位的FSTs，这些lines覆盖了64%的目前已有注释的基因。该库允许常规的一些基因搜索，并与突变体系连接在一块。同时，该库还提供引物等信息。  

拟南芥：http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/phosphat/index.html澳大利亚  

拟南芥蛋白磷酸化位点数据库。  

拟南芥：http://www.plprot.ethz.ch/瑞士  

拟南芥质体蛋白数据库。  

拟南芥：http://www.seedgenes.org/美国  

拟南芥发育关键基因数据库。  

拟南芥：http://www.suba.bcs.uwa.edu.au/澳大利亚  

SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）是由University of Western Australia的ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology维护的，包含了源自各个领域的关于拟南芥蛋白的亚细胞定位的数据，如荧光定位数据、亚细胞组分的蛋白质组学研究、文献及源于（Gene Ontology annotations, Swiss-Prot and gene descriptors）的同族蛋白的信息，还有采用软件（10个）预测得到的数据，包括了非重复的将近7000个拟南芥蛋白及将近30000个采用生物信息预测的方法获得的蛋白亚定位信息。