西红柿http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp德国西红柿基因组测序计划数据库。 西红柿http://ted.bti.cornell.edu/美国 西红柿功能基因组数据库整合和扩展了数个早期的诸如西红柿表达谱数据库和西红柿代谢数据库，及西红柿小RNA数据库的信息。
水稻：http://rice.plantbiology.msu.edu/美国 水稻基因组注释计划。 水稻：http://ars-genome.cornell.edu/rice/美国 GrainGenes是美国农业部和地域农业图书馆的植物基因组计划支持的麦燕麦和甘蔗遗传数据库 水稻：http://mpss.udel.edu/rice/美国 Rice MPSS database水稻大规模平行测序数据库。 水稻：http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE美国 RiceGE（Rice Functional Ge...
苜蓿：http://bioinfo.noble.org/gene-atlas/美国 MtGEA蒺藜苜蓿基因表达谱数据库。收集了Affymetrix公司的苜蓿基因芯片的关于苜蓿多个器官的基因表达谱数据。 苜蓿：http://brassica.bbsrc.ac.uk/英国 Brassica Genome Gateway 2008芸苔基因组数据库。 苜蓿：http://medicago.cau.edu.cn/中国 苜蓿数据库，包括基因组注释信息及部分表达谱数据。 苜蓿：http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/EST/法国 ...
玉米：http://maize.tigr.org/美国TIGR的玉米数据库。 玉米：http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/maize/index.jsp 德国 mgsp:德国玉米基因组数据库，基于基因组测序。 玉米：http://mtm.cshl.org/美国 mtmDB:玉米定点诱导突变体数据库。 玉米：http://www.agron.missouri.edu/美国 该数据库储存有玉米基因组的进展信息。 玉米：http://www.maizegdb.org/美国 MaizeGDB玉米基因组信息数据库...
麦类：http://wheat.pw.usda.gov 美国小麦、大麦、黑麦、三系杂交麦和燕麦的分子和表型信息数据库。 大麦：http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3 欧洲 欧洲大麦数据库（EBDB）收集的信息主要来源于ECP/GR Working Group对于大麦的研究数据，由德国Gatersleben的IPK植物基因组和作物研究所维护。 大麦：http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html英国 该在线数据库包括在SCRI开展的通过交叉...
马铃薯http://www.pfgd.org/pfgd/美国马铃薯晚疫病和大豆疫病EST数据库，该数据库的建立是为了更好的了解病毒的发病机制以及抗性原理。 马铃薯 https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html 德国 PoMaMo是由德国植物基因组计划建立的关于马铃薯的信息库，包括目前已知的马铃薯的各个方面的生物信息数据，并通过BLAST对其基因进行了注释。
Vitis vinifera in EnsemblPlants，http://plants.ensembl.org/Vitis_vinifera/Info/Index，欧洲葡萄基因组数据库 葡萄大数据平台，http://www.grapeworld.org，中国 中国科学院植物研究所创建的葡萄科研平台数据存储及共享利用的服务平台，包括葡萄种质资源、转录组信息、基因组注释及信息挖掘、葡萄进化分析等数据。
大豆：http://psi081.ba.ars.usda.gov/SGMD/default.htm美国大豆基因组和微阵列数据库。 大豆：http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/德国 豆类基因图谱数据库。 大豆：http://soybase.org/美国 Integrating为大豆研究者建立的基因组学和分子生物学数据库。 大豆：http://soybeangenome.siu.edu/美国 大豆基因组浏览器数据库整合了大豆基因组的信息，方便用户查找到所需信息。 大豆：ht...
拟南芥：http://affymetrix.arabidopsis.info美国诺丁汉拟南芥保存中心芯片数据库。 拟南芥：http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/美国 拟南芥小RNA工程。 拟南芥：http://atpid.biosino.org/美国 拟南芥蛋白相互作用数据库。 拟南芥：http://datf.cbi.pku.edu.cn中国 拟南芥转录因子数据库（DATF）收集了所有的拟南芥转录因子数据（总共1922个位点，2290个基因），划分为64个家族。该数据库序列是...
热带作物的遗传和基因组信息的数据库：http://tropgenedb.cirad.fr，法国TropGene DB是一个管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库，该数据库将作物按数个模式作物归类，目前在线公布的模式作物有香蕉、可可、椰子、棉花、油椰子、水稻和甘蔗。其他模式作物正有待开发。每个模式作物都包括遗传来源信息（如形态学、起源、等位基因数据），分子标记信息，遗传图谱，长序列多态性（QTL）分析结果，测序图谱，序列、基因及相...
树木：http://foresttree.org/ftdb美国 ForestTreeDB搜集了大规模测定数个树木品种的EST序列的数据，并开发和采用已有的软件对各序列进行基因注释，希望为该领域的研究人员提供帮助。同时还对相关数据库作了链接，并为设计微阵列进行基因表达谱研究创造条件。 橡胶树：http://genome.ukm.my/nrestdb/马来西亚 橡胶树EST数据库，该数据库介绍了相关的cDNA文库，分析渠道KOG分类，GO注释等。 综合：http://...
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